Пети Васељенски Сабор сазвао је цар Јустинијан 1 (527-565) да би била размотрена „Три поглавља. Три поглавља су богословско-догматски докуменат који је у првом реду осудио личност и дела епископа Теодора Мопсуестијског, неке списе епископа Теодорита Кирског и Писмо епископа Иве Едеског упућено епископу Марију и Ардашир, затим осуда Оригеновог неправославног учења, неооригенизма. Сабор је одржан од 5. маја до 4. јуна 553. г. а председавао је цариградски патријарх Евтихије. Било је присутних око 165 епископа (Александријски Аполинарије. Антиохијски Домнин, заменик патријарха Јерусалима у лицу три епископа, осам епископа из северне Африке, из Рима је био присутан у Цариграду али не и на сабору папа Вигилије). И ако представници Рима нису били званично заступљени на сабору, Римска црква је одмах признала све одлуке Петог Сабора. Сва саборска документа су сачувана углавном на латинском језику али се самим тиме њихова аутентичност не може довести у сумњу.
Пети Васељенски Сабор има прилично богату своју предисторију која се протеже на неке врло важне догађаје у историји Цркве који досежу чак уназад до Трећег Васељенског Сабора, па и раније. Пети Сабор није био преокупиран неком новом јересју већ се, једноставно речено, у новим околностима и условима, бавио несторијанством и монофиситством. Спорови су се добрим делом, с друге стране, тицали онога што се у историји зове верска политика, иначе богословски врло образованог цара Јустинијана (цар је рођен у месту Таврисион код данашњег Лебана недалеко од Лесковца, археолошки локалитет Царичин Град). Јустинијан је хтео да обнови Римско царство и у томе је добрим делом успео. Међутим, на Истоку су већ постојале неционалне монофиситске цркве које су биле ван граница Византије и са њиховим присаједињењем Царству ишло је много тешко. Званични покушај измирења православних и монофисита одржан је у Цариграду 532. г. Био је то сусрет по шест угледних богослова са обе стране (од православних био је Ипатије Ефески и Леонтије Византијски, а од монофизита, Север Антиохијски). Некако у то време се по први пут званично у тим дискусијама појављују и списи Дионисија Ареопагита, које особито користе у својим дискусијама монофисити, мада у тим списима није било спорних и јеретичких учења. На том колоквијуму који је одржан у Цариграду показало се да су за монофисите најспорније извесне личности које су по њима биле јеретици а које Црква још увек није званично осудила, или то макар није учинио Четврти Васељенски Сабор у Халкидону 451. г. Легитимитет и значај овог сабора оспоравају јер његове одлуке сматрају да су несторијанске пошто диофисити погрешно тумаче, и уствари издали су Кирилово учење о „миа фисис“ и „ек дио фисеон“ и „евосин кат ипостасин“ као и „синодос фисики“. То је особито наглашавао монофиситски богослов Север Антиохијски патријарх (512-538), иначе веома плодан писац. Другога дана рада овог колоквијума разговарало се о томе, да ли је Богочовек Христос „из две природе“, како су мислили монофисити и како је по њима учио Кирило Александријски, или је „у две природе“, како су сматрали представници православних. Монофисити су, с друге стране, приговарали Халкидонском сабору, зашто није примио ] 2 Кирилових „глава“ или анатематизама. Одговор је био, да сабор то није изричито учинио, већ посредно. Трећег и последњег дана овог разговора мешовите комисије присуствовали су и сам патријарх Епифаније и цар Јустинијан. Прихваћено је учење по коме је „Један од Свете Тројице пострадао телом“ као и „једном и истом припадају и чуда и страдање“.
Укратко речено, резултати преговора православних и монофизита у Цариграду 532. г. били су веома слаби. Православљу је пришао само један монофиситски епископ и неколико свештеника, и то је све. Као нека врста уступка, али са тачке гледишта православних сасвим прихватљива, прихваћена је такозвана теопасхитска формула која се већ од раније налазила у молитви „Свјати Боже… Који је распет за нас“. На овоме је особито инсистиралаједна група скитских монаха. Сматра се даје у то време настала и химна „Јединородни Сине и Слове Божији…“ која се и данас пева на Светој Литургији као „друга слава“, а приписује се самом цару Јустинијану.
Друго веома важно спорно питање у предсаборском периоду Петог Сабора је било актуализирање Оригена и његовог учења. Спор се јавио међу монасина у Палестини, особито у Лаври Светог Саве Освећеног (Видети Ј. Поповић, Житија Светих за децембар, Београд 1977,156166). нарочито је било актуелно Оригеново погрешно за Цркву учење о „апокатастасис тон апандон“ (о васпостављању свега, у своје првобитно добро стање, чак ће се и ђаво покајати и спасити). Један од таквих палестинских монаха био је и Теодор Аскида који је у међувремену постао епископ у Кесарији Кападокијској, и који је био царев саветник по многим питањима када се радило о Цркви. Ориген и његово учење ће нешто касније 543. или 544. г. бити осуђено од самог цара и то наједном мањем локалном сабору у Цариграду који се окупио око патријарха Мине. Одлука о осуди Оригена донета је у 15 тачака, а свака се завршава проклетством (анатемом). Осуђене су главне ставке Оригеновог погрешног учења, није нико од монаха осуђен као Оригенов присталица. Међу савременим богословима било је много оних који су се отворено противили да Ориген буде, након скоро три века, осуђен. Посебно се ме$)у њима истицао ђакон Фулгенције Феранд из Картагине (написао је на латинском језику спис „У одбрану три поглавља“ ПЛ. 67, 532 – 627).
У даљим преговорима са мнофиситима на Истоку (Сирија, Јерменија), Теодор Аскида, да би избегао личну осуду као оригениста, сугерисао је цару Јустинијану да монофисити одбацују Халкидонски сабор зато што на том сабору нису били осуђени, чак су оправдани, Теодорит Кирски и Ива Едески, који су се држали учења Теодора Мопсуестијског (+ 428) који је био учитељ јеретика Несторија. Због тога су, како је он говорио, сада монофисити своје измирење са Црквом условљавали тиме што би се православни (диофисити)још једном одрекли и анатемисали и Несторија, Теодора Мопсуестијског, Теодорита Кирског и Иву Едеског. У крајњој линији, монофисити су хтели да Халкидонски сабор као такав буде осуђен. Цар је пристао да се поведе расправа о овим питањима а с тим су се сложили и патријарх Мина и недавно изабрани папа Вигилије (од 536). Међутим, многи, особито на Западу нису били сагласни да се, на начин изнет у „Три поглавља“ осуђују поменуте личности. Особито је велико противљење било у северној Африци, Италији, Илирику. Противници осуде износили су многе аргументе: говорили су пре свега да се овим поступком доводи у питање ауторитет и значај једног Васељенског сабора. Ако се коначно оспори важност једног сабора, а сабори Цркве су по свом значају одмах после Светог писма, поставља се питање, како су они говорили, може ли један исти извор точити слатку и горку воду? Или: зашто судити оне који не могу да се бране, јер су давно умрли и налазе се на праведном и неподмитљивом Божијем суду? Зашто осуђивати мртве и на тај начин казнити живе који на ту осуду не пристају? Називани су „некродиокти“ прогонитељи мртвих, и као они који директно греше против 7. члана Никеоцариградског Символа вере, у коме се каже да ће Господ „судити живима и мртвима“…
По питању осуде самог Теодора Мопсуестијског пре Петог Сабора, око 550. г. из Цариграда је у Мопсуестију послата једна комисија да испита да лије име Теодорово избрисано из диптиха тамошње Цркве где је он био епископ. Комисија се на лицу места уверила даје његово име избрисано из диптиха, што значи да је већ у локалној Цркви осуђен као јеретик. То је била основа за саборску осуду Теодора Мопсуестијског и као личности, јеретика и свих његових списа. У току рада Петог сабора папа Вигилије, иако је већ неколико година боравио у Цариграду није ипак смео јавно да подржи „Три поглавља“ због негативних реаговања на Западу, чак није смео да се појави на сабору, већ се склонио у храм Св. апостола Петра и Павла у Цариграду и огласио се са једним документом, Judicatum (Пресуда) којим изричито не признаје „Три поглавља“.
Пети Васељенски Сабор је осудио, као што је већ речено, неке списе Теодорита Кирског и Иве Едеског који су били уперени против Кирила Александријског и његовог учења, особито изложеном у 12 глава. Због ових својих списа Теодорит и Ива су се јавно покајали и били су примљени и враћени на своје епископске катедре са којих их је збацио „разбојнички сабор“ у Ефесу 449. г. Пети Сабор је само још једанпут осудио. истина посмртно, оно зашто су се они једном већ покајали. Тиме није подривен и доведен у сумњу Четврти Васељенски Сабор у Халкидону 451. г. Халки донски сабор је овим поступком само допуњен у оним сегментима којима се није директно bавио и који нису тада били у Цркви актуелни. Пети Сабор је дакле оправдао Халкидон и његову христологију. Учињен је известан уступак монофиситима у смислу црквене икономије, али вера православна није повређена. Поново је подвучен значај учења Цркве о јединству богочовечанске Христове личности. Такође је потврђена формула да је „један од Свете Тројице пострадао телом“, чиме се у ствари поново нагласило, противно монофиситима, да је један Христос, и да с друге стране, монофисити нису у праву када православнима приписују двојење – дељење Христове личности у несторијанском смислу. На крају је Пети Сабор осудио оригенизам и није донео ниједан канон.